Dès 1996 (gouvernement Cardoso), un certain nombre d’actions sont menées selon une gouvernance améliorée des politiques publiques, basée sur le principe de subsidiarité. Ainsi, la gestion d’une ligne de crédit destinée à la mise en place d’infrastructures pour l’agriculture familiale (Pronaf infrastructure) est déléguée aux conseils municipaux de développement durable (CMDRS). Ces derniers sont composés de représentants de la société civile et des pouvoirs publics.
En 2003, Lula fait du développement territorial une des priorités de son gouvernement. En application de cette politique, divers ministères mettent en place des actions territoriales innovantes à des échelles d’intervention différentes. Il en va ainsi :
Du Ministère de l’environnement (MME), qui promeut au niveau territorial un projet de gestion environnementale (GESTAR) et les agendas 21.
Du Ministère du développement social (MDS), qui lance le CONSAD (Consortium intermunicipal de sécurité alimentaire et de développement). Ce consortium a pour objectif la gestion du programme « Fome Zero ».
Du Ministère de l’intégration nationale (MI), qui engage un programme national de développement régional (PNDR) dans des mesorégions (entités, souvent plus réduites que les espaces d’action des autres ministères). Ces programmes visent à réduire les inégalités régionales en valorisant pleinement leurs potentialités économiques. La mise en oeuvre de ces programmes s’appuie sur les APL (Arranjos Produtivos Locais). Il s’agit de coordonner les acteurs locaux pour la consolidation de la mise en place de filières locales (cf. infra).
Du Ministère du développement agraire (MDA), dont l’action en matière de développement territorial est particulièrement poussée.
Un Conseil national du développement rural durable (Condraf) a organisé des conférences (CNDRS) qui ont élaboré un Plan national de développement durable des territoires ruraux (PDSTR). Celui-ci appréhende le territoire comme un espace socialement construit par un groupe social déterminé dans la production et la reproduction de son existence (BRASIL, MDA, 2003, s.p.), et détermine ceux qui seront établis comme territoires ruraux sur des critères de faible IDH, d’importance locale de l’agriculture familiale mais aussi de faible densité démographique (